Sesuai dengan SK Rektor Nomor 153/IV/2017 maka, penjaminan mutu di UMS menggunakan sistem berjenjang dari tingkat universitas, fakultas dan program studi. Adanya penjaminan mutu yang berjenjang dapat dijadikan sebagai kontrol dan monitoring terhadap kegiatan catur dharma yang dilaksanakan oleh dosen di UMS. Di tingkat universitas, terdapat Lembaga Penjaminan Mutu (LJM) sebagai lembaga yang bertanggungjawab terhadap pengembangan dan pelaksanaan Sistem Penjaminan Mutu di Universitas, baik di Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI) maupun Sistem Penjaminan Mutu Eksternal (SPME). LJM akan selalu melaporkan hasil penjaminam mutu kepada Rektor UMS sebagai bentuk pertanggungjawabannya. Struktur organisasi LJM UMS sesuai dengan SK Rektor UMS Nomor 133/IV/2021, dimana struktur di LJM UMS terbagi menjadi Kepala Bidang Monev, Audit Mutu, dan Akreditasi Nasional; Kepala Bidang Pengembangan Sistem dan Akreditasi Internasional; dan Kepala Urusan Tata Usaha. Di tingkat FKIP UMS, terdapat Gugus Penjaminan Mutu (GJM) Fakultas dan Unit Penjaminan Mutu (UJM) Program Studi sesuai dengan SK Rektor UMS Nomor 113/IV/2021. GJM FKIP akan senantiasa berkoordinasi dengan Dekan FKIP dalam proses pengembangan dan pelaksanaan SPMI dan SPME di tingkat Fakultas. GJM FKIP akan bekerjasama dengan UJM untuk melakukan penjaminan mutu di setiap program studi yang ada di lingkungan FKIP.
Penguatan penjaminan mutu di UMS dilengkapi dengan dokumen mutu yang meliputi kebijakan mutu, manual mutu, standar mutu, prosedur mutu, prosedur kerja ataupun instruksi kerja serta berbagai buku pedoman yang mendukung. Standar Mutu yang mengadopsi 24 Standar Nasional Pendidikan Tinggi dan dikembangkan menjadi 32 Standar UMS yang terdokumentasi dalam SM-UMS-01 s.d. SM-UMS-32.
- Standar Kompetensi Lulusan (SM-UMS-01)
- Standar Isi Pembelajaran (SM-UMS-02)
- Standar Proses Pembelajaran (SM-UMS-03)
- Standar Penilaian Pembelajaran (SM-UMS-04)
- Standar Dosen dan Tenaga Kependidikan (SM-UMS-05)
- Standar Sarana dan Prasarana (SM-UMS-06)
- Standar Pengelolaan Pembelajaran (SM-UMS-07)
- Standar Pembiayaan Pembelajartan (SM-UMS-08)
- Standar Hasil Penelitian (SM-UMS-09)
- Standar Isi Penelitian (SM-UMS-10)
- Standar Proses Penelitian (SM-UMS-11)
- Standar Penilaian Penelitian (SM-UMS-12)
- Standar Peneliti (SM-UMS-13)
- Standar Sarana dan Prasarana Penelitian (SM-UMS-14)
- Standar Pengelolaan Penelitian (SM-UMS-15)
- Standar Pendanaan dan Pembiayaan Penelitian (SM-UMS-16)
- Standar Hasil PkM (SM-UMS-17)
- Standar Isi PkM (SM-UMS-18)
- Standar Proses Pengabdian Kepada Masyarakat (SM-UMS-19)
- Standar Penilaian PkM (SM-UMS-20)
- Standar Pelaksana PkM (SM-UMS-21)
- Standar Sarana dan Prasarana PkM (SM-UMS-22)
- Standar Pengelolaan PkM (SM-UMS-23)
- Standar Pendanaan dan Pembiayaan PkM (SM-UMS-24)
- Standar Kerjasama (SM-UMS-25)
- Standar Pengelolaan Pusat Studi (SM-UMS-26)
- Standar Identitas (SM-UMS-27)
- Standar Tata Pamong (SM-UMS-28)
- Standar Al Islam dan Kemuhammadiyahan (SM-UMS-29)
- Standar Visi dan Misi (SM-UMS-30)
- Standar Kemahasiswaan (SM-UMS-31)
- Standar Keuangan (SM-UMS-32)