Prodi Pend. Biologi merupakan salah satu dari delapan prodi yang dikelola oleh Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan UMS (FKIP-UMS). Prodi ini pertama kali mendapatkan ijin operasional dari SK Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Indonesia pada 1 November 1985 dengan surat keputusan Nomor 0499/0/1985. Salah satu alasan pendirian prodi ini adalah untuk memenuhi kebutuhan tenaga pendidik Biologi bagi sekolah-sekolah Muhammadiyah khususnya dan sekolah menengah pada umumnya.
Prodi Pendidikan Biologi telah empat kali mengajukan akrediatasi, yaitu pada tahun 1998, 2003, 2007 dan 2013. Pada tahun 1998 Prodi Pendidikan Biologi mendapatkan kesempatan yang pertama untuk mengikuti program akreditasi dari Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT). Pada akreditasi tersebut Progdi Pend. Biologi terakreditasi “B” berdasarkan surat keputusan (BAN-PT) nomor 00926/Ak-1.1/UMSCDM/ VIII/1998 tertanggal 8 Agustus 1998. Peringkat akreditasi “B” ini diraih kembali oleh Prodi Pendidikan Biologi ini pada tahun 2003, yaitu berdasarkan surat keputusan BAN-PT nomor 030/BAN-PT/Ak-VII/S1/IX/2003 tertanggal 19 September 2003 dan tahun 2008 berdasarkan surat keputusan BAN-PT nomor 016/BAN-PT/Ak-XI/S1/VIII/2008 tertanggal 19 November 2008. Terakhir Tahun 2013 Prodi. Prodi Pendidikan Biologi mendapatkan Akreditasi “A” berdasarkan surat keputusan (BAN-PT) nomor 217/SK/BAN-PT/Ak-XVI/S/X/2013 tertanggal 26 Oktober 2013. Pada tahun 2018 ini, Prodi Pend. Biologi kembali mengajukan reakreditasi.
Visi dan misi Program Studi Pendidikan Biologi FKIP UMS tidak lepas dari visi dan misi UMS yang memiliki kekhasan sebagai pusat unggulan, untuk mengembangkan sumberdaya manusia berdasarkan nilai-nilai keislaman dan memberi arah perubahan dan Pengembangan IPTEKS yang Islami dalam rangka mewujudkan lulusan berkualitas dan kompetitif untuk skala regional, nasional maupun internasional yang berkarakter dan berjiwa wirausaha. Pencapaian visi, misi, tujuan pendidikan dan kompetensi Kualitas pendidikan Program Studi Pendidikan Biologi FKIP UMS, sesuai dengan kebijakan, sasaran dan rencana mutu serta standar yang telah ditetapkan baik oleh UMS (internal) maupun oleh Standar Nasional Pendidikan (Kemenristekdikti dan BAN PT).
Rumusan visi, misi, dan tujuan Program Studi Pendidikan Biologi FKIP UMS konsisten dengan visi, misi dan tujuan Fakultas dan Universitas. Visi Program Studi Pendidikan Biologi FKIP UMS adalah “Pada tahun 2029 menjadi pusat pendidikan tenaga pendidik Biologi yang profesional, Islami, memberi arah perubahan IPTEKS, dan memiliki jiwa wirausaha”. Misi Program Studi Pendidikan Biologi FKIP UMS yaitu 1) Menyelenggarakan pendidikan, pelatihan, dan pembimbingan untuk menghasilkan tenaga pendidik Biologi yang profesional dan Islami; 2) Melaksanakan penelitian dan pengabdian kepada masyarakat, serta memberi arah perubahan IPTEKS yang mendukung peningkatan kualitas pendidikan, pelatihan, dan pembimbingan tenaga pendidik Biologi; 3) Menyelenggarakan pendidikan, pelatihan, dan pembimbingan untuk menghasilkan tenaga pendidik Biologi yang UTAMA (Unggul, Terampil, Aktif-Kreatif, Mandiri, dan Amanah) dan memiliki jiwa wirausaha.
Program Studi Pendidikan Biologi FKIP UMS berusaha terus untuk dapat mengimplementasikan visi, misi, dan tujuan, dalam kegiatan akademik. Program Studi Pendidikan Biologi FKIP UMS memiliki benang merah keterkaitan visi, misi, dan tujuan, FKIP dan UMS, yaitu pada unsur cita-cita untuk mengembangkan sumberdaya manusia berdasarkan nilai-nilai keislaman dan memberi arah perubahan dan Pengembangan IPTEKS yang Islami dalam rangka mewujudkan masyarakat utama. Lebih khusus lagi, Program Studi Pendidikan Biologi FKIP UMS merupakan salah satu Program Studi di Indonesia yang memiliki misi membentuk Pendidik Biologi yang UTAMA (Unggul, Terampil, Aktif dan kreatif, Mandiri dan Amanah). Visi dan misi Program Studi Pendidikan Biologi FKIP UMS dirumuskan berdasarkan Rencana Strategis 2013-2017.