Prodi Pend. Biologi merupakan salah satu dari delapan prodi yang dikelola oleh Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan UMS (FKIP-UMS). Prodi ini pertama kali mendapatkan ijin operasional dari Kopertis Wilayah VI Jawa Tengah pada 26 April 1979 dengan surat keputusan Nomor 357/K/Kpt/IV/1979. Salah satu alasan pendirian prodi ini adalah untuk memenuhi kebutuhan tenaga pendidik Biologi bagi sekolah-sekolah Muhammadiyah khususnya dan sekolah menengah pada umumnya.